Lebensraum für viele Tiere, Pflanzen und Pilze
Pilze zersetzen das Holz der Bäume. Erst dadurch kann es von verschiedenen Insekten als Nahrung genutzt werden. Bekannte Baumpilze sind Schwämme und Porlinge. Insekten leben oft im Kronentotholz und in Rindentaschen. Hier finden Milben, Fliegen, Wespen, Käfer und Spinnen ein geeignetes Mikroklima. Beispiele sind Prachtkäfer, Graswespen und Waldschmetterlinge. Vögel nutzen Biotopbäume auf vielfältige Weise: Singvögel finden hier Verstecke, Greifvögel errichten in den Kronen ihre Horste und Spechte bauen Höhlen in das von Pilzen zersetzte und dadurch weiche Holz. Zudem finden die Vögel hier aufgrund der großen Insektenvielfalt ein reiches Nahrungsangebot. Säugetiere leben hier ebenfalls: Eichhörnchen, Marder und Siebenschläfer nutzen Baumhöhlen als Schlafplatz. Fledermäuse findet man in kleinen Nischen wie Rindentaschen oder Rissen, die sie als Tagrastplatz nutzen.
Als Biotopbäume werden häufig auch Horst-Bäume ausgezeichnet. D.h. Bäume auf denen z.B. Schwarzstorch oder Rotmilan einen Horst (also ihr Nest) gebaut haben, den sie meist mehrere Jahre verwenden. Gekrümmte Stämme, bizarre Wuchsformen, Vielstämmigkeit. Das sind ebenfalls optimale Biotopbaum-Eigenschaften. Genauso wie Flechten- Mistel- oder Efeubewuchs. Mulmhöhlen sind Höhlen in Bäumen, die am Grund mit zersetztem Holz und Käferexkrementen ausgestattet sind. Sie sind z.B. für den stark geschützten Eremit (Käfer) unabdingbar. Viele wärmeliebende Insekten und Vogelarten besiedeln gerne Kronentotholz. Das zeichnet Biotopbäumen aus und ist ein Grund einen Baum mit viel Kronentotholz als Biotopbaum auszuwählen.
Biotopbäume sollten immer markiert werden, damit sie bei der Holzernte nicht in Mitleidenschaft gezogen werden. Je mehr Biotopbäume auf engem Raum ausgewählt werden, desto größer ist die naturschutzfachliche Wirkung. Entlang von Wegen muss immer die Verkehrssicherungspflicht berücksichtigt werden. Auch bei der Holzernte ist die erhöhte Gefahr von herabfallenden Totholzästen zu beachten. Biotopbäume werden nicht mehr wirtschaftlich genutzt und dürfen eines natürlichen Todes sterben. In der Zerfallsphase sind sie besonders interessant für viele Tierarten. Viele Tiere haben sich spezialisiert und finden nur in unseren Biotopbäumen einen geeigneten Lebensraum. Sie erhöhen die Artenvielfalt um ein Vielfaches.
Das sogenannte Bayerische Vertragsnaturschutzprogramm Wald (VNP Wald) des Bayerischen Staatsministerium für Ernährung, Landwirtschaft und Forsten, honoriert und fördert freiwillige Leistung durch Waldeigentümer im Sinne des Natur- und Artenschutzes. Hierbei werden Leistungen wie eben der Erhalt von Biotopbäumen und das Belassen von Totholz gefördert. Es wird empfohlen mindestens sechs Biotopbäume pro Hektar auszuweisen. In Wirtschaftswäldern werden Bäume gefällt und verwertet, bevor sie absterben, deshalb sind Biotopbäume dort viel seltener als in Naturwäldern. Bereits bestehende Biotopbäume sind jedoch wirtschaftlich nicht mehr interessant, deshalb werden sie nicht gefällt. Für die bayerischen Staatsforsten werden zehn Biotopbäume pro Hektar angestrebt.